Второй сезон Агентов Щ.И.Т. начинается сразу после разрушительных событий первого. Организация, которую все считали непоколебимой, лежит в руинах. Секреты Гидры выплыли наружу, доверие внутри команды разрушено. Фил Колсон, снова назначенный директором, пытается собрать остатки Щ.И.Т. и построить всё заново, но уже по-своему.

Команда сильно изменилась. Некоторые герои ушли, появились новые лица. Мэй всё так же немногословна, но теперь её молчание тяжелее. Скай узнаёт о своём происхождении всё больше, и эти открытия переворачивают её жизнь. Фиц и Симмонс пытаются справиться с последствиями травмы, которую получили в финале первого сезона. Особенно тяжело приходится Фицу - он уже не тот весёлый гений, каким был раньше.

Колсон собирает людей, которым может доверять. В команду приходят опытный наёмник Ланс Хантер, его бывшая жена Бобби Морс и механик с непростым прошлым Мак. Каждый из них несёт свои тайны, и не все готовы открыться сразу.

Дела, за которые берётся команда, становятся всё страннее. Появляются люди с невероятными способностями, древние артефакты и загадочные символы, которые рисуют сами себя. Колсон понимает, что всё это связано с чем-то большим, чем обычные угрозы.

В центре внимания оказывается древний город инопланетного происхождения, спрятанный глубоко под землёй. Тот, кто найдёт его первым, сможет изменить мир. За этой тайной охотятся не только Щ.И.Т., но и остатки Гидры, и совершенно новые игроки, о которых раньше никто не слышал.

Скай постепенно учится управлять своими новыми силами. Ей приходится выбирать, кем она хочет стать и на чьей стороне остаться. Эти решения даются тяжело и приносят много боли всем вокруг.

Отношения внутри команды постоянно проверяются на прочность. Друзья становятся врагами, а враги неожиданно помогают. Предательства и прощения идут рука об руку. Никто не остаётся прежним.

Колсон всё больше ощущает груз ответственности. Он скрывает от команды свою тайну - странные рисунки, которые он рисует во сне. Эти символы ведут его к чему-то важному, но он пока не понимает, к чему именно.

Во втором сезоне появляется ещё одна ветка организации Щ.И.Т., которой руководит строгий и непредсказуемый Роберт Гонсалес. Они считают методы Колсона слишком опасными и хотят взять контроль в свои руки. Между двумя частями одной организации начинается настоящая война.

Зрителя ждут неожиданные повороты, новые сильные злодеи и возвращение знакомых лиц. Сезон держит в напряжении от первой до последней серии, постоянно задавая вопрос - кому можно верить в мире, где каждый скрывает что-то важное.

В итоге команда проходит через огонь, предательства и потери, но становится сильнее. Они учатся доверять друг другу по-новому и понимать, что настоящая сила Щ.И.Т. не в секретных базах и оружии, а в людях, готовых стоять до конца.