Второй сезон сериала Тысячелетие начинается с того, что Фрэнк Блэк уже не тот спокойный пенсионер, каким хотел стать. Он переехал с семьёй в Сиэтл, чтобы спрятаться от прошлого, но прошлое само его нашло.

Его дар видеть мир глазами убийц никуда не делся. Он по-прежнему чувствует их мысли, страх жертв и холодную радость преступников. Этот дар мучает его, но и спасает других.

Фрэнк вступает в загадочную организацию под названием группа Тысячелетие. Там собрались бывшие полицейские, профайлеры и следователи, которые устали ждать, пока закон догонит зло. Они действуют сами, без оглядки на правила.

Сначала всё выглядит правильно. Группа помогает раскрывать страшные преступления, которые обычная полиция не способна понять. Фрэнк чувствует, что наконец-то может использовать свои способности во благо.

Но чем глубже он погружается, тем больше странностей замечает. Люди в группе говорят о конце света, о приближении тысячелетия как о чём-то большем, чем просто смена цифр на календаре.

Он узнаёт, что у организации есть религиозные корни. Её члены верят, что зло в мире растёт и только они могут его остановить любыми средствами. Иногда эти средства оказываются страшнее самих преступников.

Тайны накапливаются. Фрэнк понимает, что группа скрывает старые дела, в которых сама замешана. Некоторые убийства, которые они якобы предотвратили, на самом деле были частью большого плана.

Самое страшное происходит, когда в Сиэтле появляется неизвестный вирус. Люди умирают от загадочной болезни, похожей на чуму. Среди жертв оказывается жена Фрэнка Кэтрин и его близкая коллега Лара Минз.

Фрэнк начинает подозревать, что вспышка не случайна. Слишком много совпадений ведёт к группе Тысячелетие. Он находит следы, которые говорят, что организация знала о вирусе заранее и ничего не сделала.

Потеряв самых близких людей, Фрэнк уходит из группы. Он больше не верит ни одному их слову. Его цель меняется, теперь он хочет доказать, что эти борцы со злом сами стали злом.

Фрэнк возвращается в ФБР. Рядом с ним молодая и честная агент Эмма Холлис. Вместе они расследуют новые дела, но главный вопрос остаётся прежним, насколько опасна группа Тысячелетие.

Каждое дело приближает Фрэнка к правде. Он видит, что организация готовит что-то огромное перед наступлением 2000 года. И те, кто должен защищать мир, могут его уничтожить.

Весь сезон Фрэнк балансирует между желанием защитить дочь Джордан и необходимостью остановить бывших союзников. Он уже не знает, кому можно верить.

Второй сезон Тысячелетия получился мрачнее и напряжённее первого. Здесь уже нет чёткого деления на добро и зло. Есть только люди, которые слишком сильно поверили в свою правоту и готовы ради неё на всё.